معاونت علمی یکی از زیر مجموعه های مجتمع دینی شهرستان پارسیان می باشد که عمده فعالیت های این معاونت اداره مدارس تحت پوشش مجتمع و بررسی کیفی و کمی فعالیت های علمی این مدارس می باشد، مدارس دینی تحت نظارت مجتمع در بخش خواهران و برادران فعالند. مدارس برادران به صورت شبانه روزی اداره می شوند که طلاب در شیفت صبح در مدارس دولتی سطح شهرستان مشغول تحصیل هستند و کلاس های دینی در نوبت عصر برگزار می شود اما مدارس خواهران دروس دینی را در نوبت صبح به صورت روزانه برگزار می کنند.